Lorsque l´on installe un système d'exploitation sur un disque dur , on doit décider du système de fichier que l´on souhaite utiliser. C´est à dire la manière avec laquelle les informations vont être stockées sur le disque.
Le système de fichier dépend du système d´exploitation ainsi que du support physique:

• FAT 12 pour une diquette de PC fonctionnant sous MS-DOS ou Windows
• FAT 16 ou FAT 32 pour un disque dur fonctionnant sous MS-DOS, Windows 95 ou 98
• NTFS pour un disque dur fonctionnant sous Windows 2000 ou XP
• HPFS pour un disque dur fonctionnant sous OS/2 (IBM)
• EXT3 pour un disque dur fonctionnant sous Linux
• EXT4 pour un disque dur fonctionnant sous Linux
• ISO 9660 pour un CDROM

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